El Mangekyou Sharingan es un Doujutsu kekkei Genkai muy poderoso que solo posee el clan Uchiha. Debido a su inmenso poder, no es fácil despertarlo. Una de las principales condiciones que deben cumplir quienes quieren despertar este poder es experimentar un trauma emocional provocado por la muerte de alguien cercano.
Cuando el Mangekyou Sharingan se despierta con éxito, su poder superará con creces al Sharingan en general. Aparte de eso, también hay varias habilidades únicas que pueden ser realizadas por aquellos que lo han activado. Aunque hay innumerables usuarios de este Doujutsu en la historia de Naruto, no se revela que habilidad única es despertada por quienes lo han despertado.
Uchiha Madara
Madara fue el primer Uchiha de su clan, junto con Izuna, en despertar la habilidad Mangekyou Sharingan. Después de años de practicar esta habilidad, finalmente logró obtener el formidable poder que usó para luchar contra Hashirama Senju. Pero, desafortunadamente, Hashirama todavía era demasiado fuerte para Madara.
Madara luego buscó otros poderes. Después de ver morir a su hermano, tomó sus ojos para despertar al Eterno Mangekyou Sharingan. Al usar esta habilidad, Madara pudo despertar la habilidad de controlar completamente a Susanoo. Curiosamente, a pesar de que fue el primero en obtener el Mangekyou Sharingan, no se sabe cuál es su habilidad.
Uchiha Izuna
Uchiha Izuna es uno de los cuatro hermanos de Uchiha Madara. Junto con sus cuatro hermanos, fue el primero en despertar con éxito al Mangekyou Sharingan en el clan Uchiha. Se desconoce la habilidad exacta de su Mangekyou Sharingan, pero es seguro que esto lo convirtió en una figura fuerte para liderar el clan Uchiha con Madara.
En su juventud, había derrotado a muchos shinobis Senju. Pero, al final, tuvo que morir por la herida fatal de la espada de Tobirama. Incluso hasta que murió, la habilidad Mangekyou Sharingan de Izuna seguía siendo un misterio, pero con esta habilidad lo convirtió en un fuerte líder del clan Uchiha, seguramente su Mengekyou era muy poderoso.
Indra Otsutsuki
El primer hijo de Hagoromo, Indra Otsusuki, es un genio shinobi que puede superar cualquier cosa. Indra Otsusuki heredó el poderoso chakra de su padre, así como sus habilidades de Sharingan. A veces, Indra también puede despertar su habilidad Mangeyou Sharingan, aunque se desconoce la habilidad real.
Debido a que Indra no aparece a menudo en las historias, no se sabe mucho sobre sus habilidades de Mangekyou Sharingan. En el anime, se muestra que Indra es capaz de usar Amaterasu, pero en el manga no tiene esta habilidad. Sin embargo, Indra tiene la capacidad de controlar todo el cuerpo de Susano'o sin tener que abrir el Eternal Mangekyou Sharingan, que es algo extraordinario.
Fugaku Uchiha
Fugaku Uchiha era el líder del clan Uchiha antes de la masacre del clan Uchiha por parte de Itachi. Es el padre de Itachi y Sasuke. El propio Fugaku es un shinobi de Konoha muy fuerte y mucha gente piensa que Fugaku puede ser un candidato fuerte para convertirse en el Hokage de la aldea de Konoha.
En el anime, se muestra que Fugaku Uchiha tiene el Mangekyou Sharingan, que despertó durante la tercera gran guerra ninja. Desafortunadamente, esta habilidad nunca se muestra ni se menciona en el manga. Aun así, Fugaku tenía un amplio conocimiento del doujutsu.
